Princip
EST (Udtrykt Sequence Tag) udtrykte sekvenstags
EST er tilfældigt udvalgt fra en cDNA-klon til 5'-enden og 3'-enden af en sekvens for at opnå en partiel cDNA-sekvens af korte, udgør en komplet genom af en lille del af sin længde i en database generelt fra 20 til 7000bp, Den gennemsnitlige varighed af 360 ± 120bp. EST fra visse omstændigheder den totale mRNA af en væv cDNA-bibliotek, så EST kan også forklare tilrettelæggelsen af genekspression.
Technology Roadmap
Først blev prøven udvundet fra mRNA, under påvirkning af revers transkriptase ved hjælp oligo (dT) som en primer for RT-PCR syntese af cDNA og derefter vælge den relevante luftfartsselskab cDNA-bibliotek blev konstrueret for hver stamme sætvis indsætte hver enkelt stamme fragment kloningssteder ifølge vektor-primere blev udformet automatiseret sekventering på tværs af tid, som er processen med at generere EST-sekvenser.Ansøgning
EST-området som et udtryk for gener, der koder DNA-molekyle label på grund af den meget bevares sekvens har sin egen særlige karakter og fra ikke-udtrykte sekvens tags (såsom AFLP, RAPD, SSR, etc.) er mere tilbøjelige end gennem familie og arter restriktioner EST markører i fjernt beslægtede arter sammenlignende genomforskning og komparativ kvalitativ træk kobling kort information er særligt nyttigt. Ligeledes kan en DNA-sekvens der mangler målarten fra andre arter også anvendes til arten EST Genetisk kortlægning nyttig, acceleration informationer beslægtede arter hurtig transformation. Konkret EST rolle manifesteret i: ⑴ anvendes til at konstruere genetiske kort og genom fysisk kort, ⑵ som en probe for radioaktiv hybridisering, ⑶ for positionel kloning, ⑷ for at finde nye gener, ⑸ som en molekylær markør; ⑹ brug i studiet af biologiske populationer polymorfi, ⑺ bruges til at studere gen funktioner ⑻ hjælp lægemiddeludvikling, forbedrede sorter ⑼ fremme udviklingen af gen chips og andre aspekter. Det er netop på grund af disse EST viste stort potentiale, er det blevet fuldt udnyttet og udvikling.
Studiet af det humane genom, der er en anden fra "hele genomet strategi" "cDNA"-strategi, både måle kun transkriberede DNA-sekvens gentranskription produkt bestemmes revers transkription af mRNA komplementært DNA --- cDNA.cDNA repræsentant et gen der koder for proteinet. EST er et fragment af cDNA, generelt 200-400 nukleotider lang højre. En fuld-længde cDNA-molekyle kan have mange EST, men en given EST undertiden repræsenterer en specifik cDNA-molekyle. Overlappende begge ender af EST konsensussekvensen kan samles til en contig (contig), indtil samlingen er en fuld-længde cDNA-sekvens, vil dette være ensbetydende med et klonet gen kodende sekvens. EST beliggenhed i genomet, kan genomet også afbildet som en markør sekvens.
|
